ปัญหาน้ำหนุนเป็นหนึ่งปัจจัยสำคัญที่ส่งผลต่อปัญหาน้ำท่วมในกรุงเทพฯ ประกอบกับสภาพภูมิ อากาศที่ส่งผลให้ระดับน้ำในทะเลสูงขึ้น ในระยะยาว หากไม่สามารถควบคุมน้ำหนุนได้ กรุงเทพฯ อาจมีความเสี่ยงจากปริมาณน้ำเหนือและน้ำหนุนที่รวมกันทำให้ระดับน้ำจากแม่น้ำเจ้าพระยาล้น คันกั้นน้ำได้ ดังนั้น เพื่อลดความเสี่ยงน้ำท่วมกรุงเทพฯ กทม. จะร่วมกับรัฐบาลศึกษาแนวทางการ ทำประตูน้ำที่บริเวณปากแม่น้ำเจ้าพระยา เพื่อช่วยควบคุมระดับน้ำหนุนในแม่น้ำเจ้าพระยา